В своих научных исследованиях, основанных на системном подходе к процессам социально-экономического развития страны и ее аграрного сектора, А.А. Никонов важное значение придавал приоритетам в этом развитии, объективно обусловленным ограниченностью ресурсов. Как сторонник рыночного реформирования сельского хозяйства он особое внимание уделял созданию необходимых экономических предпосылок эффективного его осуществления и активной роли государства в создании этих предпосылок, считая, что новые формы хозяйства, ориентированные на свободную предпринимательскую деятельность, на самофинансирование, в силу особых условий ведения сельского хозяйства, повышенного риска, низкой инвестиционной привлекательности объективно нуждаются «во всесторонней» «государственной поддержке». Особую поддержку, – подчеркивал А.А.Никонов, – следует оказывать инициативным, предприимчивым крестьянам, за которыми будущее. Главное же – это создание общих благоприятных экономических, прежде всего, финансовых условий в виде приемлемого кредита, налога, цен, целевых инвестиций и дотаций по примеру развитых стран мира, бережное отношение к своему селу и крестьянству» (Спираль многовековой драмы: аграрная наука и политика России – XVIIIXX в.в., М.: ЭРД, 1995 г., с. 548).