ВИАПИ им. А.А. Никонова награждён Золотой медалью за разработку программы для ЭВМ «Генерация типового сайта НИИ Россельхозакадемии» и Серебряной медалью за разработку программы для ЭВМ «Экономико-математическая модель синтеза оптимальных информационных систем в сельском хозяйстве» в рамках конкурса «За высокоэффективное информационное обеспечение АПК» проводившегося в период работы Российской агропромышленной выставки "Золотая осень-2013".

ВИАПИ им. А.А. Никонова также награждён Золотой медалью за разработку управленческих инноваций в агропромышленном комплексе в рамках конкурса «За инновационные разработки в области сельскохозяйственной науки» также проводившегося в период работы упомянутой выше выставки.